ME-Patienten sind immundefizient und daher für Infekte besonders anfällig. Infekte verlaufen bei ihnen besonders schwer und ziehen sich deutlich länger hin als bei immunkompetenten gesunden Menschen. So kann selbst ein moderat Erkrankter durch eine an sich harmlose Erkältung vorübergehend pflegebedürftig werden. Auch über lebensbedrohliche Komplikationen durch Infekte bei ME-Patienten ist berichtet worden. Daher ist es für Erkrankte wichtig, Kontakte mit Menschen, die an ansteckenden Krankheiten leiden, zu meiden.

Auffallend ist, dass viele Erkrankte keine äußeren Krankheitszeichen eines Infektes mehr entwickeln. Steigt normalerweise bei Infekten die Körpertemperatur an und läuft die Nase, so haben viele ME-Patienten die Fähigkeit zu fiebern und Schleim zu entwickeln offenbar verloren. Der Infekt schwelt im Körper, ohne richtig auszubrechen.